Das Autoimmunprotokoll (AIP) ist eine “verschärfte Version” der Paleo-Idee und läuft in drei Phasen ab. In der ersten Phase werden Lebensmittel eliminiert, die potenziell unser Immunsystem über Gebühr reizen. In der zweiten Phase werden einzelne Lebensmittel langsam wieder eingeführt. Die dritte Phase dient als Erhaltungsphase dafür, den eigenen Körper weiterhin zu beobachten, um regulierend einzugreifen, falls sich (wieder) Symptome einstellen.